Hipokrat je u V veku pre n.e. u svojim terapeutskim uputstvima napisao da »postoje dva načina lečenja: jedan kada se bolest suzbija suprotnim sredstvom i drugi, kada se bolest suzbija sredstvom koje izaziva istu bolest. Tako se povraćanje leči podsticanjem povraćanja, dijareja sredstvom za čišćenje, zapaljenje bešike sredstvom koje izaziva zapaljenje«. Ono što se danas podrazumeva pod klasičnom homeopatijom vezano je za ime Samuela Hanemana (Samuel Hahnemann, 1755-1843), nemačkog lekara, hemičara i lingviste, koji je postavio temelje savremene homeopatske medicine. On je krajem osamnaestog veka, nezadovoljan tadašnjim drastičnim terapijskim postupcima koji su uključivali puštanje krvi, stavljanje pijavica, spaljivanje usijanim gvoždjem, pa čak i trepanaciju lobanje, tražio način lečenja koji ne bi bio uperen protiv bolesnih pojava, već koji bi pomagao organizmu da povrati svoju izgubljenu životnu ravnotežu. U tom cilju on je ispitujući način delovanja kinina, za koji se već tada znalo da suzbija groznicu u lečenju malarije, sam uzeo odgovarajuću dozu toga leka. Na njegovo veliko iznenadjenje, posle uzimanja kinina dobio je groznicu, pa je na osnovu toga postavio osnovni zakon homeopatije da »neka supstanca može da kod bolesnika ukloni iste one poremećaje koje u zdrave osobe izaziva«. Shodno tome, i bolesna pojava treba da se leči »sličnim lekom«, odakle potiče i današnji naziv ovog terapijskog pristupa u lečenju bolesti,  jer reč homeopatija upravo i znači »slično bolesti« (grčki: omoios = jednak, zajednički, sličan,  patos = patnja, bolest).

Nakon otkrića osnovnog zakona homeopatije, Haneman je ceo svoj život posvetio izučavanju ove metode lečenja koja je značila pravu revoluciju u tadašnjoj medicini. Haneman je bio veoma sistematičan i pedantan po prirodi pa je, u želji da ovaj princip proveri i sa drugim supstancijama, na sebi i zdravim dobrovoljcima eksperimentalno ispitao dejstva mnogobrojnih materija tražeći one koje u zdravih osoba mogu da izazovu slike poznatih bolesti. Rezultate svojih opservacija on je pažljivo beležio i sistematizovao u dvema knjigama (1,2) u kojima je opisao principe homeopatskog lečenja kao i sliku fizičkih i mentalnih promena koje u zdravih ljudi izaziva veliki broj eksperimentalno ispitanih supstancija. Posle toga Haneman je počeo da leči bolesnike tako što je detaljno sistematizovao sve promene koje se kod bolesnika javljaju u toku bolesti, pa je onda uporedjivanjem tražio onu suspstanciju koja je na zdravim ljudima dovodila do iste slike poremećaja. Dajući rastvor te materije bolesniku, on je u mnogim slučajevima uspevao da otkloni bolesne promene i dovede do izlečenja čak i u tako teškim bolestima kao što je bila kolera. 
Tokom svoga rada Haneman je proširio istraživanja i na delovanje raznih otrova na zdrave ljude, jer se tada verovalo da su mnoge bolesti u stvari izazvane nakupljanjem otrova u telu. Da bi mogao da proverava dejstva otrovnih materija na zdravim ljudima, on je morao da koristi veoma razblažene rastvore kako bi izbegao toksične efekte. Pri tome je zapazio drugu neočekivanu pojavu, da je rastvor otrova imao sve jači terapijski efekat što je njegovo razblaženje u vodenom rastvoru bilo veće. Tako je postavio i drugi osnovni zakon homeopatije koji je nazvao »potenciranje« što podrazumeva pojačanje dejstva homeopatskih lekova njihovim beskonačnim razblaživanjem u vodenom rastvoru. 
Haneman je posle toga i dalje proširivao svoje principe lečenja novim pojmovima, a znatne doprinose u daljem razvoju homeopatije dali su njegovi učenici i sledbenici naročito Konstantin Hering i James Tyler Kent. Na taj način tokom devetnaestog veka potpuno su formirani filozofija i praktični principi primene terapijskog metoda koji se naziva klasična homeopatija. Upotreba bliže odrednice »klasična« danas je neophodna da bi se razlikovala Hanemanova originalna metodologija od mnogobrojnih kasnijih modifikacija i dopuna od strane novijih homeopata,  koje nisu sasvim u skladu sa temeljnim principima Hanemanovog učenja (na primer razni »homeopatski pripravci« koji su samo obični preparati koji sadrže veliki broj raznih suspstancija i elemenata u subfarmakološkim dozama).